Первое упоминание о деревянной Ильинской церкви, в тот момент уже считавшейся ветхой, относится к 1642 г. В 1642—1645 г. она была перестроена воеводой М. А. Вельяминовым на собственные средства и переименована в Троицкую с приделом во имя святого Илии пророка. К концу XVII в Троицкая на посаде церковь становится известной под именем Входоиерусалимской; дата смены небесного покровителя не установлена. Во время пожара 1748 г. деревянная церковь сгорела. Четыре года спустя ее построили вновь из леса разобранной Покровской церкви (ту переделывали в каменную). Простояла такая церковь всего полтора десятилетия.В 1767 г. началось строительство каменной церкви, и 20 июля 1770 г. епископ Тихон II освятил главный престол. Ильинский же придел был завершен чуть позже, к январю 1771 г. Еще один придельный алтарь в трапезной — в честь мученика Антипы — устроен в 1810— 1812 г. на средства купца И. Рындина. Деньги на создание иконостасов в приделах пожертвовал купец Н. Рубцов. Как отмечал в конце минувшего века Д.И. Самбикин, заботами старосты А. Петрова Ильинский храм “благолепно” украшен, его интерьер лучший в Воронеже: стены отделаны под мрамор и покрыты росписью. Внимание прихожан приковывали великолепные иконы, среди них Божия Матерь, написанная в XVIII в.и одетая в 1847 г. серебряной ризой в память об избавлении города от холеры, а также иконы священномученика Антипы и благоверного князя Александра Невского.
Ильинская церковь была одноштатной: священник, дьякон, псаломщик. Жалование свое они получали за счет процентов с капитала в восемь тысяч рублей да в виде арендной платы с 49 десятин пахотной земли. Прихожан насчитывалось до 500 душ. В 1872 г. для помощи бедным было создано церковное попечительство. Существовала и богадельня для престарелых женщин, на содержание которой в 1879 г. мещанин А. Петин пожертвовал пятьсот рублей.В середине XVIII в. у Ильинской церкви было отмежевано приходское кладбище размерами примерно по 27 аршин (19 метров) во все стороны от храма. Особо примечательных похорон купцы Елисеевы тут не наблюдали, отметив лишь погребение в 1770 г. матери купца Антона Тресорукова.
Эта надгробная плита, предположительно конца 18 века, которая находится рядом со входом в храм, единстве что осталось от приходского кладбища, кому она принадлежала, на данный момент выяснить, не представляется возможным.
И еще одна плита, которая находится не далеко от храма.
Священников в Ильинской церкви почти за три столетия ее жизни сменилось немало, в большинстве своем это были весьма достойные люди. Внимание любителей старины прежде всего привлекает фамилия Болховитиновых. Отец известного краеведа, археографа, просветителя и деятеля церкви, Алексей Андреевич (?—1776) был священником этого храма в 60—70-е г. ХVII в. По всей видимости, священнический сын Евфимий (1767—1837), в будущем митрополит Киевский и Галицкий Евгений, был окрещен в Ильинской церкви, тогда еще старой, деревянной.
Семья Болховитиновых жила неподалеку от места службы своего хозяина. Уже после его смерти, в 1782 г., вдовой и детьми было застроено дворовое место в Ильинском приходе, “идучи от Спасовской улицы по Ильинскому переулку к церкви Ильи Пророка на левой стороне четвертое от погоста угольное место”. Переулок этот, соединяющий две церкви, цел и сейчас, но старинного деревянного на каменном фундаменте дома там уже не сыскать
В 1809 г. Входоиерусалимская церковь стала местом крещения старшего сына в семье Кольцовых: “Октября 3 рожден у купца Василия Петрова сына Кольцова и жены его Параскевы Ивановой сын Алексий. Воспринимали при крещении купец Николай Иванов Галкин и купецкая жена Евдокия Васильевна Чеботарева”. В тот момент семья обитала неподалеку от церкви, на Большой Стрелецкой улице. Прасольскому сыну Алексею Кольцову суждена была в жизни общероссийская слава поэта, певца подворонежских степей.
https://necropol-vrn.ru/kladbishcha-voronezha/literaturnyj-nekropol/7-koltsov-aleksej-vasilevich-1809-1842.html- могила Алексея Васильевича Кольцова
В 1860—1910-е г. священствовал в Ильинском храме Аристарх Алексеевич Аристов. В канун революции 1917 г. пастырский посох находился в руках его внука, отца Алексея Аристова, в советское время перешедшего к Тихвино-Онуфриевской церкви.
После прихода к власти большевиков церковь переживала не лучшие времена. В 1922 году были изъяты ценности общим весом 8 пудов 12 фунтов и отправлены в опечатанных ящиках в Москву. А в 1930-х годах приход официально закрыли. Через четыре года в здании храма вольготно расположился областной архив. Лишь в конце 1993 года областная администрация приняла решение о возвращении епархии здания Ильинской церкви.
Первое богослужение в храме воссозданный приход провел 2 августа 2000 года в день святого пророка Илии. Сейчас Ильинская церковь имеет один алтарь, освященный во имя святого пророка Илии. Полным ходом идет роспись выбеленных стен храма. Реставраторы не трогают только старинные фрески 19 века, дошедшие до наших дней. По обе стороны от алтаря находятся два старинных образа: Митрофана Воронежского и Тихона Задонского. Предположительно, они написаны в XVIII – начале XIX вв. Их нашли чудом, когда переносили областной архив. В советское время иконы служили полками на стеллажах. Сегодня при храме действует воскресная школа и молодежный приходской отдел. Издается газета «Ильинский листок"
